Flagship fue un proyecto integrado que englobó un conjunto de subproyectos orientados a conseguir operaciones seguras, eficientes y ecológicas en buques. La Fundación Valenciaport trabajó exclusivamente en el subproyecto B.6 sobre planificación y manipulación de la carga.
El objetivo del proyecto era el desarrollo de un prototipo de herramientas que fueran capaces de facilitar y optimizar los procesos de planificación requeridos para la organización del transporte de contenedores consiguiendo movimientos de importación, exportación y transbordo más efectivos en coste y reducir al máximo posible el reposicionamiento de contenedores vacíos requeridos en la Terminal de contenedores.